國民政府來臺，神社遭到拆除，國軍在此設立陸軍軍營，建立一棟棟簡約的房舍。駐軍時期從1957年至1997年，長達40年之久。

        清水營區承繼了清水神社的祭祀空間在軍事史及軍事用途價值，具有一定的意義的存在，目前牛罵頭遺址文化園區保存了營區時期的八棟營舍、大門口崗哨及東側半地下掩體的碉堡，連同清水神社遺跡被指定為市定歷史建築。